Da alcuni anni, qualcosa di strano e pericoloso sta accadendo a Tokyo, e non solo. Sempre più Digimon infatti riescono a passare attraverso la barriera dimensionale che separa il mondo degli uomini da quello dei Digimon e arrivano sulla Terra, combinando disastri e mettendo in pericolo la vita di molte persone.

Per far fronte a questa emergenza, i maggiori governi del mondo hanno istituito una speciale squadra di polizia, i DATS (Digital Accident Tactics Squad), composta da esseri umani e da Digimon di fiducia. I DATS hanno il compito di contrastare tutti i Digimon non autorizzati, ritrasformarli in uova e rimandarli nel mondo digitale tramite apposite macchine.

La squadra di Tokyo, guidata dal capitano Setsuma, è composta da Yoshino, Touma Norstein e Daimon Masaru. Quest'ultimo è il figlio del professor Daimon Suguru, un brillante scienziato che, dieci anni prima, aveva guidato una spedizione scientifica nel mondo digitale, che a seguito di numerose difficoltà era stata costretta a rientrare in tutta fretta. Daimon Suguru però era rimasto indietro, e da allora la sua sorte è sconosciuta.

Più tardi si unisce alla squadra anche Ikuto, un ragazzo di 16 anni che da piccolo era finito per errore nel mondo digitale durante un esperimento dei suoi genitori.

I DATS dovranno far fronte, oltre che alle numerose invasioni, anche alla pazzia di uno scienziato, Kurata, determinato a cancellare per sempre i Digimon, da lui ritenuti semplicemente delle bestie feroci che coi loro poteri potrebbero mettere seriamente in pericolo il futuro dell'umanità.

Il loro ultimo nemico si rivelerà essere nientemeno che il Dio del mondo digitale, Yggdrasil, che, seguendo al contrario il ragionamento di Kurata, tenterà di prevenire la collisione fra i due mondi cancellando quello degli umani.